アラビカ種において、ティピカ（Typica）とブルボン（Bourbon）は世界的に遺伝学的に最も重要な品種であり、現存する最も古いコーヒー品種でもあるが、人々はブルボン種をより重視する傾向がある。その理由は、現在ブルボン種には多くのカラーバリエーション（変種）が存在しているからである。
ブルボンについて言えば、いくつかの資料の記載によると、この品種はイエメン由来のティピカの自然変種である。17世紀初頭、フランスの宣教師によってイエメンからマダガスカル島の東680kmにあるマスカレン諸島へ持ち込まれた。フランス人がこの島を占領した後、島をブルボン島（仏語：ÎleBourbon、またはブルボン島、現在のレユニオン島）と名付け、同時にこのイエメン産コーヒーをブルボンコーヒーと名付けた。
18世紀になると、レユニオン島はフランス人によるイエメン・ブルボンコーヒーの苗圃（ナーセリー）となり、19世紀中頃までに、フランスの聖霊会宣教師の布教の旅を通じて、ブルボンコーヒーはアフリカと南米へ栽培に出されるようになった。
南米に伝わった際、最初に到達したのはブラジル南部のカンピナス（Campinas）であった。当時ブラジルでは主にティピカ種が栽培されていたが、ブルボンはティピカ種と比較して、同じように病気や害虫の被害に遭いやすいものの、ブルボン種の方が収量が高いため、ブラジルの他の地域へ急速に広がり、その後南米や中米の他国へも徐々に広まっていった。
しかしその後、コーヒー業界の発展に伴い、絶え間ない移植、突然変異、交雑を経て、多くのコーヒー品種が生み出されたため、現在ラテンアメリカ地域では、ブルボン種の多くがその変種（カトゥーラCaturra、カトゥアイCatuai、ムンドノーボMundo Novoなど）に置き換わっている。ブラジル、エルサルバドル、ペルーなどの国にのみ、今もブルボンが栽培されている。
ただし、一般的なコーヒーの木は開花結実後、果実の色が緑から薄い黄色へと変わり、次第にオレンジ色になり、最後に成熟すると赤色、あるいはより熟した濃い赤色になる。しかし、ブルボン種はやや特殊で、約百年の繁殖を経て突然変異種が現れ始め、色の突然変異も起きた。例えばイエローブルボン（Yellow Bourbon）、オレンジブルボン（Orange Bourbon）、ピンクブルボン（Pink Bourbon）であり、一般的なブルボン種は区別するためにレッドブルボンとも呼ばれる。
いくつかの記録によると、イエローブルボンは最初に1930年代、ブラジル・サンパウロ州のペデルネイラス（Pederneiras）市で、ブルボンを栽培していた農場で発見された。一部の人はこれをレッドブルボンの自然変種だと考えているが、レッドブルボン種と「Amerelo de Botocatu（1871年にサンパウロ州で発見された黄色い実をつけるティピカの変異種）」の自然交配だという説もある。
その後、ブラジル・カンピナス農業研究所（IAC）がこのコーヒーの研究を開始し、1950年代に複数のイエローブルボンの商用品種を発表した。イエローブルボンは成熟が早く、甘味や香りがレッドブルボンより明確で、明らかな柑橘系の酸味があるものの、収量はレッドブルボンより低く、コーヒー病害への抵抗力も弱いため、ブラジル・サンパウロ州の一部地域でのみ栽培されている。前街咖啡には、ブラジル・サンパウロ州のモジアナ地域・レイナ農園（皇后荘園）産のイエローブルボンコーヒー豆があり、ドリップすると果実の甘みがあり、サトウキビ、チョコレート、ピーナッツなどのナッツ風味が感じられ、微弱でクリーンな苦味と、なめらかで繊細な口当たりがある。
オレンジブルボンは最初にエルサルバドルで発見された、コーヒー果実の色の遺伝子の自然突然変異種であるが、ときにコロンビアの「ピンクブルボン」と混同されやすい。
近年のコロンビアのコンペティションでは、比較的新しい品種であるピンクブルボンがよく登場する。コーヒー果実の色が淡く柔らかなピンク色であることから名付けられた。当初、ピンクブルボンはレッドブルボンとイエローブルボンを交雑して育成されたミックス品種であり、その外見のピンク色は劣性遺伝子で、一旦赤や黄のような優性遺伝子に出会うと覆い隠されて現れなくなるため、この品種は抗病性が極めて強いにもかかわらず、安定した生産を維持するのが非常に難しく、収量も極めて低い。また、他の品種と別々に栽培し、他の色に覆われるリスクを減らす必要がある。
皆がピンクブルボンをブルボン種だと考えているが、後に遺伝子検査により、ピンクブルボンが単なるブルボン種の遺伝子ではなく、大部分の遺伝子がエチオピアの原产品種に似ていることが判明したため、その品種の正確な起源と本当の出自はまだ確定できていない。
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